Αφού το σύστημα εγκατασταθεί σε έναν web server ο Διαχειριστής του Περιοδικού οργανώνει το στήσιμο του περιοδικού μέσα από 5 βήματα όπυ συμπληρώνει διάφορα πρότυπα και ρυθμίζοντας το τρόπο διαχείρισης του περιοδικού. Η οργάνωση του περιοδικού δεν είναι απαραίτητο να ολοκληρωθεί την ίδια φορά καθώς ο διαχειριστής μπορεί να αποθηκεύσει τις τρέχουσες ρυθμίσεις και να επιστρέψει αργότερα και οποιαδήποτε στιγμή για να τις ολοκληρώσει ή να κάνει αλλαγές.

Το μενού της Οργάνωσης του Περιοδικού είναι διαθέσιμο στον Διαχειριστή του Περιοδικού στη σελίδα Διαχείριση Περιοδικού και περιέχει το δικό του σετ κειμένων Βοήθειας. Η οργάνωση και το στήσιμο του ιστοτόπου του περιοδικού θα απαιτήσει τη λήψη αποφάσεων και κειμένων για τα παρακάτω πεδία και τα οποία μπορούν να προετοιμαστούν σε συνεργασία με τους Επιμελητές ή να προστεθούν αργότερα:

• Κύριος Υπεύθυνος Επικοινωνίας για το περιοδικό
• Υπεύθυνος Επικοινωνίας για Τεχνική Υποστήριξη
• Θεματική περιοχή και περιεχόμενο περιοδικού
• Ενότητες περιοδικού και πολιτικές
• Οδηγίες προς Συγγραφείς
• Οδηγίες Υποβολής προς Συγγραφείς
• Ευρετηρίαση στοιχείων και κατάλληλα παραδείγματα
• Πολιτική αξιολόγησης
• Οδηγίες Αξιολόγησης
• Πολιτική για τα Πνευματικά Δικαιώματα
• Πολιτική Ανοικτής Πρόσβασης
• Επιτροπή Σύνταξης / Αξιολόγησης
• Πολιτικές Συνδρομών
• Χρήση επιμελητών σελιδοποίησης, κειμένων και τυπογραφικών δοκιμίων