Το OJS έχει σχεδιαστεί ως ένα σύστημα για πολλά περιοδικά και ο Διαχειριστής του Ιστοτόπου είναι υπεύθυνος για τις απαραίτητες ρυθμίσεις σε επίπεδο ιστοτόπου και για την δημιουργία νέων περιοδικών που θα φιλοξενηθούν στον ιστοτόπο. Οι ιστοτόποι των φιλοξενούμενων περιοδικών είναι απόλυτα ανεξάρτητοι, με εξαίρεση τους λογαριασμούς χρηστών, ενώ ένας χρήστης μπορεί να συμμετέχει σε οποιονδήποτε συνδυασμό ρόλων και περιοδικών, το ίδιο email και όνομα χρήστη (username) θα αναφέρεται στον ίδιο χρήστη ανεξάρτητα από το περιοδικό.

Οι βασικές πληροφορίες για τον ιστότοπο της συλλογής εισάγονται από τον Διαχειριστή του Ιστοτόπου και εφαρμόζονται σε όλα τα φιλοξενούμενα περιοδικά, συμπεριλαμβανομένων του τίτλου, της περιγραφής και των πληροφοριών επικοινωνίας του ιστοτόπου.

Προώθηση σε URL Περιοδικού. Η ρύθμιση αυτή μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να διασφαλιστεί ότι όλα τα αιτήματα προωθούνται στον ιστότοπο συγκεκριμένου περιοδικού. Συνήθως αυτή η ρύθμιση χρησιμοποιείται όταν ένας ιστότοπος φιλοξενεί ένα μοναδικό περιοδικό.

Το OJS επιτρέπει την δημιουργία ενός αριθμού ιστοτόπων ανεξάρτητων και διαφορετικών περιοδικών στον ίδιο γενικό ιστότοπο, ενώ νέα περιοδικά μπορούν να δημιουργηθούν και να επεξεργαστούν οποιαδήποτε στιγμή. Κάθε περιοδικό που δημιουργείται μπορεί να προσπελαστεί μέσω ενός μοναδικού URL βασισμένο στην διαδρομή που εισάγεται από τον Διαχειριστή του Ιστοτόπου. Περιοδικά που βρίσκονται στο στάδιο των ρυθμίσεων και της οργάνωσής τους μπορούν να κρατηθούν "κρυφά" από τον κυρίως ιστοτόπο μέχρι την ολοκλήρωση των απαραίτητων εργασιών.

Το OJS έχει σχεδιαστεί ως ένα πολλυγλωσσικό σύστημα, επιτρέποντας στα φιλοξενούμενα περιοδικά στον ίδιο ιστοτόπο να υποστηρίζουν έναν μεγάλο αριθμό γλωσσών. Ο Διαχειριστής του Ιστοτόπου μπορεί να ορίσει μια γλώσσα εργασίας εξ'ορισμού (default) και να εγκαταστήσει πρόθετες διαθέσιμες τοπικές ρυθμίσεις ώστε να είναι διαθέσιμες για χρήση από τα περιοδικά.

Πρόσθετα πακέτα γλωσσών συνήθως είναι διαθέσιμα για κατέβασμα από τον ιστότοπο του Open Journal Systems, ενώ είναι επρόσδεκτη η συνεισφορά των χρηστών. Τα πακέτα αυτά μπορούν να εγκατασταθούν σε ένα υπάρχον OJS σύστημα ώστε να είναι διαθέσιμα σε όλα τα φιλοξενούμενα περιοδικά.

Εξ'ορισμού, το OJS πιστοποιεί τους χρήστες σύμφωνα με την εσωτερική του βάση δεδομένων. Παρ'όλα αυτά, είναι δυνατόν να χρησιμοποιηθούν και άλλες μέθοδοι πιστοποίησης, όπως το LDAP. Επιπλέον πηγές πιστοποίησης μπορούν να υλοποιηθούν ως OJS plugins. Δείτε την τεκμηρίωση που συνοδεύει κάθε plugin για λεπτομέρειες.